Когда купил лучше было, по автомату проблем нет. Мне кажется, что когда фильтр воздушный меняли и разбирали сам корпус, чтобы стряхнуть песок, вот после этих манипуляций, как-то вяло стало, может чего намутили там, хз. Ещё есть подозрение на расходомер, т.к. когда мне его устанавливали сказали, что он дует 10 кг воздуха, где-то читал, что для м54в25 это мало.
Если хочется порядка - для успокоения посетите грамотного диагноста с DIS и INPA и посмотрите параметры работы VANOS, расходомера, рабочей смеси, плавности хода, многое из этого можно сделать самостоятельно в INPA. Дополнительно проведите все возможные инициализации\сбросы в inpa/dis.
Если по коробке и плавности работы автомата нету замечаний, то повторюсь, не мешайте машине работать.
"Не едет" Е46 с М54, это не более чем хороший автомобиль\мотор начала века.
Даже М3 Е46 не может тягаться в мощности с современными серийными turbo-моторами БМВ, хоть и является разработкой отделения BMW Motorsport. На дворе 2017 год.