Если хочется порядка - для успокоения посетите грамотного диагноста с DIS и INPA и посмотрите параметры работы VANOS, расходомера, рабочей смеси, плавности хода, многое из этого можно сделать самостоятельно в INPA. Дополнительно проведите все возможные инициализации\сбросы в inpa/dis.
Если по коробке и плавности работы автомата нету замечаний, то повторюсь, не мешайте машине работать.
"Не едет" Е46 с М54, это не более чем хороший автомобиль\мотор начала века.
Даже М3 Е46 не может тягаться в мощности с современными серийными turbo-моторами БМВ, хоть и является разработкой отделения BMW Motorsport. На дворе 2017 год.
Эту диагностику лучше делать под различными нагрузками?